Dr. Muzaffer Şenel, Marmara Üniversitesi, Nüfus ve Sosyal Araştırmalar Enstitüsü’nde misafir araştırmacıdır. Dünya Düzeni, Güvenlik Çalışmaları, Avrupa çalışmaları ve karşılaştırmalı dış politika alanlarında çalışan Şenel, özellikle Avrupa’nın Orta Doğu’ya yönelik dış politikası, Doğu Akdeniz ve Karadeniz bölgesi siyaseti ve uluslararası ilişkileri, Türkiye’nin dış politikası, dünya düzeni, Kıbrıs meselesi ve yüksek öğretim alanlarına odaklanmaktadır. Şenel, İstanbul Kültür, 29 Mayıs, Ankara Medipol, Marmara, Kocaeli ve İstanbul Şehir Üniversitesi gibi çeşitli üniversitelerde dersler vermiştir. İngiltere (Oxford Üniversitesi, İslam Araştırmaları Merkezi), Macaristan (Teleki Lázsló Enstitüsü, şimdi Dışişleri ve Ticaret Enstitüsü), Polonya (Jagiellonian Üniversitesi, Avrupa Çalışmaları Merkezi) ve Ermenistan (Ermenistan Amerikan Üniversitesi, Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler) ile ABD (SUNY Binghamton Üniversitesi Siyaset Bilimi) gibi birçok ülkede araştırmalar yapmıştır. Jean Monnet, TÜBİTAK, EuroMeSCo, Karadeniz Evi ve Hrant Dink Vakfı gibi çeşitli araştırma bursları tarafından desteklenmiştir. Halen SUNY Binghamton Üniversitesi Siyaset Bilimi Bölümü’nde misafir araştırmacı olarak görev yapmaktadır. Şenel, ayrıca TRT televizyonu için Kıbrıs vakıflarını ele alan 6 bölümlük “Unutulmuş Miras: Kıbrıs Vakıfları” adlı bir belgesel dizi hazırlamıştır. Sadık Ünay ile birlikte "Global Orders and Civilizations: Perspectives from History, Philosophy and International Relations" (Küresel Düzenler ve Medeniyetler: Tarih, Felsefe ve Uluslararası İlişkiler Perspektifinden) kitabını, 2009’da New York’ta Nova Science Publications’da; Mesut Özcan ile birlikte "Modernite ve Dünya Düzen(ler)i" kitabını, 2010’da İstanbul’da Küre Yayınları’ndan ortaklaşa derlemiştir. Türkiye Uluslararası İlişkiler Konseyi, Amerikan Siyaset Bilimi Derneği, Uluslararası Çalışmalar Derneği, Orta Doğu Çalışmaları Dünya Kongresi (WOCMES), UCLA CMED, Sosyal, Beşeri ve Temel Bilimler Akreditasyon ve Derecelendirme Derneği, Romanya Aspen Enstitüsü ile Karadeniz Evi Derneği üyesidir.